Ваенны камісарыят быў створаны на падставе загаду народнага камісара абароны СССР ад 15.10.1943 г. № 0431 і дырэктывы Генеральнага штаба Чырвонай Арміі ад 18.10.1943 г. № ОРГ/6/140675 і прыступіў да выканання задач пасля вызвалення г. Ваўкавыска ад нямецка-фашысцкіх захопнікаў з 20 ліпеня 1944 года. Ваенны камісарыят быў сфарміраваны згодна з штата № 3/801 і арганізацыйна уваходзіў у склад Беластоцкага абласнога ваеннага камісарыята.
Да працы ў РВК прыступілі 14 афіцэраў. Многія з іх вярнуліся з фронту і цяжка прывыкалі да мірнага жыцця. Ваенны камісарыят узначаліў падпалкоўнік Карацееў Уладзімір Іванавіч. Начальнікам першай частцы быў капітан Кісялёў Уладзімір Уладзіміравіч. Памочнікамі начальніка першай частцы былі лейтэнанты Смірноў Уладзімір Іванавіч і Ламухин Іван Рыгоравіч. Начальнік другой частцы – арт. лейтэнант Васюковіч Уладзімір Іванавіч. Памочнікам начальніка другой часткі быў лейтэнант Гирсов Рыгор Іванавіч. Трэцюю частку узначальваў ст. лейтэнант Катлярэнку Анатоль Іванавіч. Начальнікам чацвёртай часткі прызначаны капітан Капітанаў Сяргей Андрэевіч. Старэйшымі інструктарамі – лейтэнанты Кавальчук Сямён Дзмітрыевіч і Карын Уладзімір Паўлавіч. Інструктарамі працавалі лейтэнанты Стуров Георгій Пракаповіч, Шытаў Вячаслаў Аляксандравіч, Папоў Мікалай Барысавіч. Начальнікам АХЧ быў ст. лейтэнант Шалькин Аляксандр Аляксеевіч.
Калектыў РВК разам з рашэннем арганізацыйных пытанняў прыступіў да выканання галоўных сваіх задач – гэта наладжванне воінскага ўліку і пошуку рэсурсаў для папаўнення фронту.
Пасля расфарміравання ў верасні 1944 г. Беластоцкага абласнога ваеннага камісарыята Ваўкавыскі РВК быў уключаны ў склад Баранавіцкага абласнога ваеннага камісарыята.
А з 12 кастрычніка 1944 г. і ваенны камісарыят ўваходзіць у склад Гродзенскага абласнога ваеннага камісарыята (на цяперашні час ваенны камісарыят Гродзенская вобласті).
Пасля заканчэння Вялікай Айчыннай вайны супрацоўнікі раённага ваеннага камісарыята прарабілі вялікую працу па наладжванні і ўдасканаленні воінскага ўліку ваеннаабавязаных і прызыўнікоў, умацаванню ваенна-ўліковых органаў.
Паралельна вялася работа па працаўладкаванні і забеспячэнні жылой плошчай звольненых з арміі вайскоўцаў, захаванню і перезахоронению загінуўшых воінаў, добраўпарадкаванні пахаванняў, пенсійным забеспячэнні інвалідаў вайны, членаў сем'яў загінулых.
Далей ўсталі пытанні перападрыхтоўкі ваеннаабавязаных, правядзенне прызываў моладзі на сапраўдную ваенную службу. І наш раённы ваенны камісарыят паспяхова вырашаў і вырашае пастаўленыя задачы.
Усіх супрацоўнікаў пералічыць немагчыма, абмяжуюся толькі ваеннымі камісарамі.
1.падпалкоўнік Карацееў Уладзімір Іванавіч з 8.09.1944 г. па 1.10.1944 г.
2.падпалкоўнік Радзівонаў Міхаіл Сямёнавіч з 1.10.1944 г. па 3.10.1944 г.
3.маёр Антонаў Павел Васільевіч з 3.10.1944 г. па 26.10.1950 г.
4.палкоўнік Демехин Павел Кірылавіч з 26.10.1950 г. па 2.10.1953 г.
5.падпалкоўнік Солодинов Леанід Піліпавіч са 2.10.1953 г. па 3.03.1958 г.
6.падпалкоўнік Котаў Аляксей Канстанцінавіч з 3.03.1958 г. па 2.04.1960 г.
7.падпалкоўнік Бахалдзін Іван Сямёнавіч са 2.04.1960 г. па 17.09.1970 г.
8.падпалкоўнік Хамутоў Васіль Андрэевіч з 17.09.1970 г. па 6.09.1973 г.
9.падпалкоўнік Задворнов Павел Пятровіч з 6.09.1973 г. па 8.08.1974 г.
10. падпалкоўнік Штойка Мікалай Маркавіч з 8.08.1974 г. па 13.12.1977 г.
11. падпалкоўнік Бярозкін Валерый Піліпавіч з 13.12.1977 г. па 2.02.1984 г.
12. падпалкоўнік Гарбачоў Анатоль Міхайлавіч з 2.02.1984 г. па 16.08.1991
13. палкоўнік Нікалаеў Яўген Зиновьевич з 16.08.1991 г. па 26.01.1995 г.
14. палкоўнік Панамароў Аляксандр Віктаравіч з 26.01.1995 г. па 6.06.1997 г.
15. палкоўнік Ігнатовіч Анатоль Сямёнавіч з 6.06.1997 г. па 23.09.2005 г.
16. палкоўнік Харашун Аляксандр Уладзіміравіч з 23.09.2005 г. па 24.04.2015
17. палкоўнік Ігнатовіч Сяргей Уладзіміравіч з 25.04.2015 г.
18. палкоўнік Герасімчук Уладзімір Іванавіч з 2.09.2020 г.
З 31 жніўня 2014 года Ваўкавыскі раённы ваенны камісарыят рэарганізаваны шляхам зліцця са Свіслацкім раённым ваенным камісарыятам у ваенны камісарыят Ваўкавыскага і Свіслацкага раёнаў.
З 31 жніўня 2015 года ваенны камісарыят Ваўкавыскага і Свіслацкага раёнаў рэарганізаваны шляхам зліцця з Берестовицким раённым ваенным камісарыятам у ваенны камісарыят Ваўкавыскага, Бераставіцкага і Свіслацкага раёнаў
Сёння ваенны камісарыят вырашае задачы мабілізацыйнай гатоўнасці, арганізацыі тэрытарыяльнай абароны, праводзіць падрыхтоўку і адпраўку моладзі на сапраўдную службу, службу ў рэзерве, а таксама па забеспячэнні сацыяльнай абароны ваеннаслужачых, ваенных пенсіянераў і членаў іх сем'яў, Ветэранаў Вялікай Айчыннай вайны, воінаў інтэрнацыяналістаў, удзельнікаў ліквідацыі наступстваў аварыі на Чарнобыльскай АЭС.